FB2024_03 , released June 25, 2024
Clone: Dmel\BACR33O09
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General Information
Symbol
Dmel\BACR33O09
Species
D. melanogaster
Name
BACR33O09
FlyBase ID
FBcl0359925
Feature type
genomic_clone
Computed gene(s)
 
Collection Status
N/A
Known Problems
none
FlyBase assessment
    Library
    RPCI-98_BAC
    • BAC genomic clone collection for D. melanogaster, iso-1 strain, adult, 163kb inserts.
    Strain
      Vector
      Tissue Source
      Stage
      Tissue/Position (including subcellular localization)
      Reference
      adult stage
      organism
      • nucleus
      (Hoskins et al., 2000)
      Sequence Data of the Insert
      Full Length Sequence
      Genomic Location
      4:278,549..438,118
      Total bases
      159,570
      NCBI
      AC114394
      Full Length sequence dataSequence Downloader
      GAATTCTGGTATATAATAGGCTGTATGCTATATTTGCATTATATCACATAATTTCTATTTATTTAATCTGGACGGAATTT
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CTGACATCTAACTTTGCTTTCGATGTGCAGAATCGATTACATTCCCTCGAAAATTTTCAAAAATACTTTTTGGAGTACCA
GCGCCTTGAACTAGAAATTTTACGAAACAGGGAAAGTTCTCGTGTCTTACAACACGATGCTTATGAAAGCCTTCTCGATT
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CGTGAATTAATTCAATCTTTTGAGAAACAAAATACAACGGATCTAAGACATGACGCAGCACCAATAGAAGGCAAGACTAA
CATGTTTTTGGTGTCATGTTATTGTGTACTTGTTCAATAACAAATTGTTTATACTTTAAAGAAATGCACGTTATTGATAG
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GTCATGTGTGTCAGTCGTGTTTTACATTTATTACATACAGCATAATAATCATAAAATTCTCATGTAACAGTTTTTGCTTC
CCCTTTTTTCCCCAGGCTTATACGTTCCGAAAGAAATATCTCTCTCAAGTTATGCAGCACCTTCACAGCAGTGCGAAATT
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GCTACAGTATTTGCTCCAAATATTTTGCGAAGCACTCATTTGACATTTTCGAGAGATAAGGAACAAGAAAATATGATCGA
TGCCATTAATGTAGTAAGGTTTGTCAAGCAAAATACATATTTGCTTTTTATGCCTTTGATAAGACCTAATCTACCGTCTC
GTTAATTGTTTGCCAACATACGAATAGTTTCGTGTGCCTTCATGTTTTAAAAATTCATTTTTATTATACAAATTATTTAA
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CGGCTGCGTCAGGAACTCAAATTGGAAAGAACAAATCTAGAGCGAAGAGCTTTTATACACATAAATAACAAGGAATGCAA
TGGTCTAGGATCTCGACCAGCAGATACCCGTTAATTGTCTAATCATTTTGTAATTAGGAAATTTGCCTAGATACCTATAT
AGATATCTACGACCTAGATGATGTATGTAACTAAGCATACATTTTTAGGTGCAATGACATTATGAACACGCTGCGACTCT
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CACTCCAAAGCCTGGCAAAAGCTTACAACTAGCTTAACATCGTTACGATTTGATAATTAATTTAAATTATTATTTTTTAC
CGTTCGTTAACATACGTAGTTGTCTTCAACGAATTCTAATCAAATAATAAGTACGTTGGGCCAATAATTCTAAATTGTAT
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AGCAGAGTTACTGAATGTCATTTATACACAAGCACTGGAAGCTTGTCCGGAAAAGTTATATGAGCTGATTTCCACGAAAG
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ACTTCAGGGAATTC
      Library Information (1)
      Library: RPCI-98_BAC
      Description

      A BAC library containing genomic DNA fragments with average size of 163 kb. Generated for physical mapping of the Drosophila genome.

      (Hoskins et al., 2000)
      Sample preparation
      Protocol

      DNA was isolated from adult fly tissue and embedded in agarose blocks. DNA was partially digested with EcoRI and EcoRI methylase, size fractionated and cloned into the pBACe3.6 vector.

      (Hoskins et al., 2000)
      Comment

      A total of 17,540 recombinant clones were initially generated with an average insert size of 163kb (24-fold coverage of the euchromatic portion of the genome)

      (Hoskins et al., 2000)
      Reported As
      Symbol Synonyms
      BACR
      BDGP BAC library
      RPCI-98
      (Hoskins et al., 2000)
      RPCI-98_BAC
      References (2)
      Research paper (1)
      Hoskins et al., 2000, Science 287(5461): 2271--2274
      A BAC-based physical map of the major autosomes of Drosophila melanogaster. [FBrf0127123]
      Personal communication to FlyBase (1)
      Venken et al., 2012.4.25, Large retrofitted and site-specifically integrated duplications for the Bloomington Drosophila Stock Center collection.
      Large retrofitted and site-specifically integrated duplications for the Bloomington Drosophila Stock Center collection. [FBrf0218451]
      External Crossreferences and Linkouts ( 0 )
      Synonyms and Secondary IDs (0)
      Reported As
      Symbol Synonym
      Secondary FlyBase IDs
        References (0)